商品を梱包する際、各商品をパッケージから出して中身のみを免税用の袋に入れることは問題ないでしょう。
ただし、記録票に記載の商品名と個数が梱包材の中身と一致していることが判別できること、また未使用であることが判別できることが必要と思われます。加えて、例えば「10本セットで1割引きの●●円」というように販売している商品等は、パッケージから出してしまうと10本セットであることがわからなくなり、お客様が空港でトラブルに遭う恐れがあります。ご注意ください。